5 Février 2009

Minutes  de la téléconférence du jeudi 5 février 2009  -14h/15h15

Participants : Guillaume, Sylvain, Gilles, Martin, Armando, Olivier, Denis
Michel, Isabelle

Ordre du jour de la réunion :
GUI et documentation : point et actions
Prépa des journées JMMC -3 et 4 avril 09-

Prochaine réunion téléphonique : semaine du 9 au 13 mars  
(date fixée via Doodle la semaine prochaine).

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*GUI*

Chacun ayant lancé le GUI sur son ordinateur, les commentaires
débouchant sur des actions sont les suivants :

- permettre à l'utilisateur d'éditer son fichier
    oifits, à l'aide par ex. de fv (fitsView). Actuellement
    TopCat ne permet que de le visualiser. 

- ameliorer la visu des données (afin par ex. de permettre un
changement d'echelle)
--> on garde les plots créés via le GUI (pas ceux de LITpro) et TopCat
est configuré pour simplifier la procédure pour le changement des
paramètres de plot par l'utilisateur.
--> compléter la liste des plots possibles (par ex. plot radial
continu du modèle - lp_plot_radial_model)

- sauvegarder les plots / exporter l'information :
en plus des formats png et pdf, proposer un format ascii que
l'utilisateur pourra reprendre avec son outil de  plot favori (idl,
yorick, etc).

  La sortie sous le format oifits a été discutée une nouvelle
       fois. Remplacer les données par les valeurs fittées est une
       idée séduisante au premier abord. Mais il est moins simple
       d'utiliser ce format pour retourner les valeurs du modèle sur
       d'autres points que ceux mesurés. Rester contraint au format
       OIdata peut se révéler bloquant dans l'avenir.
       
- déplacer "Result" dans l'arborescence :
Result sera une branche de Settings de même niveau que "Files" et
"Targets"

- créer une arborescence dans les plots, une branche de plots étant
  associée à un fit
  
- remplacer la terminologie "Dock/Undock" non immédiate
--> "Detach/ Attach" ?...

- améliorer l'ergonomie des plots de chi2
  mettre comme valeurs min et max les bornes du paramètre, si elles existent, 

- signaler à l'utilisateur que le calcul demandé (qui peut être long) est en cours.
        Non abordé pdt la réunion : rajouter la possibilité d'arrêter le
  traitement si jugé trop long  

- résoudre la gestion des remontées d'erreurs de LITpro via le GUI,
  liée à la compréhension par le GUI du format des messages d'erreur Yorick.

- faire apparaître la définition du résidu sur les légendes des plots.

*Documentation*

- Users Manual (Martin)
intégrer les boutons d'aide contextuelle du GUI qui seront mis à
tout endroit nécessaire.
L'objectif est de rendre cette documentation opérationnelle d'ici
début mars. 

- Tutorial (Armando)
insertion d'un deuxième exemple:  une binaire, un exemple impliquant
la combinaison de 2 fonctions modèles.
-->  recherche de données. 
idée : celles (ou une partie de celles) de S. Kraus sur Theta 1
Orionis (contact et récupération: Olivier)

- réalisation de l'animation (Sylvain et Guillaume) associée à
  l'exemple 1 du Tutorial

*Prépa journée du 2 avril*

les présents seront : Armando, Olivier, Martin (peut-être), Isabelle
ou Michel, Guillaume et Sylvain

Proposition : 
- intro (I ou M) 10mn
- présentation du GUI  30mn
    . en temps réel, démo. étape par étape sur un exemple (A et M si là)
    . avec  compléments d'info (G) 
- potentialités de LITpro (I ou M) 10mn
durées indicatives -40mn interactions- 

Faire le  point est jugé nécessaire 15 jours avant cette journée qui
correspond aussi à la livraison du soft :
d'où prochaine réunion entre le 9 et le 13 mars.
Cette réunion devrait être courte (<= 1 heure).

8 Decembre 2008

 
Minutes  de la téléconférence du lundi 8 décembre 2008  -14h/15h50-

Participants : Guillaume, Sylvain, Gilles, Martin, Armando, Olivier
Michel, Isabelle

Ordre du jour de la réunion :
GUI et documentation : point et actions

Prochaine réunion téléphonique début février 
(date fixée via Doodle début janvier).

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Remarques et questions, chacun ayant lancé le GUI sur son ordinateur
et suivant les indications de la version actuelle de
JMMC_MAN_2300_0001 (user manual).
Fichier de données pris pour tester : alphaboo.2006May14.B.1.65mu.oifits

Ce fichier oifits n'a pas de OI-ARRAY; LITpro le tolère; le
validateur du JMMC l'indique comme warning. Pour ne pas dérouter
l'utilisateur, il faut avertir ce dernier que ce n'est pas grave, ni
limitant pour la suite, excepté qu'il faut dans ce cas invalider le
"Show interferometer sketch", ou alors (réflexion a posteriori)
le laisser validé mais afficher un message indiquant que
l'absence de OI-ARRAY dans le fichier empêche le plot. 
--> actions : 
-définir une stratégie pour de tels fichiers (nombreux...)
non rigoureusement de la norme OIFits. Filtrer les messages du
validateur ?
- vérifier que les fichiers de la zone partagée passent le validateur

Fonctions modèles :
- description (accessible une fois le modèle cliqué) 
  Actuellement, la description affichée est exactement ce qui est
  affiché par la fonction help lorsque LITpro est utilisé en ligne de
  commande. Ce texte ne semble pas correspondre à ce que l'on pourrait
  attendre via une interface graphique. En particulier, le texte
  pourrait être enrichi d'une figure du modèle lui-même avec les
  paramètres.

Cette documentation supplémentaire, où doit-elle être gérée ?
par le GUI, au niveau du wrapper, ou dans LITpro ?
La solution qui semble émerger est la dernière, i.e. que cette
documentation (un texte court associé à chaque fonction modèle, dans
un format à préciser et pouvant comporter des figures et des
équations), soit maintenue dans l'arborescence de LITpro. Le nom des
fichiers correspondants pourraient être passés au GUI en utilisant le
même mécanisme actuellement utilisé pour les noms des fonctions, les
paramètres, leurs unités, etc.

--> actions :
- décider si le mécanisme proposé est adéquat.
- déterminer le format de cette documentation (SVG pour les figures ?).

- Le nom des modèles peut être simplifié :
par ex., dans le menu, Model[disk:disk] peut devenir uniquement "disk"
et dans la liste des fonctions, Model[disk:disk1] peut devenir "disk1"

- l'utilisateur doit être amené à choisir les caractéristiques
initiales des paramètres du modèle (valeur, bornes, scale, libre ou
fixe). Néanmoins, il est décidé que le GUI mette par défaut:
- la "value" initiale de flux_weight à 1;
- la "HasFixedValue" de x, y, ON sur la première fonction sélectionnée.

Remarques générales sur la documentation :
- sur la partie 1 : à compléter avec les éléments du papier SPIE
(Olivier)
- sur la partie 2 (User manual) : à actualiser avec les nouvelles
fonctions modèles et les plots (Martin)
--> action : répondre à la question : des pointeurs sont-ils possibles
das LateX ?
- sur la partie 3 (tutorial) : 2 à 3 exemples à commenter (Armando)
et film d'animation sur le fit d'Arcturus par un disque (Guillaume & Sylvain)
juste avant la livraison.
Celle-ci peut être fixée au début du printemps 2009. Si date
nécessaire, pourquoi pas la journée JMMC du 3 avril.

D'ici là, priorité certes est donnée au développement du GUI et à la
documentation associée, mais aussi aux tests des fonctions modèles
avec sans doute de nouvelles données partagées.

La remontée des bugs rencontrés doit se faire par l'envoi à Guillaume
du setting concerné et copie du message d'erreur.

20 Octobre 2008

Minutes  de la téléconférence du lundi 20 octobre 2008  -14h/15h15 -

Participants : Guillaume, Gilles, Evelyne, Olivier, Martin, Armando,
Michel, Isabelle
Excusés : Sylvain, Denis

Ordre du jour de la réunion :
I- Tour de table
II- Actions à court terme sur le GUI et LITpro 

Prochaine réunion téléphonique début décembre 
(date fixée via Doodle au plus tôt).

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I- Tour de table

o Olivier avec interactions Guillaume et Gilles

à partir des templates fournis par JMMC (les mêmes qui servent à la
doc. de Search Cal), Olivier se charge, avec l'aide de Martin et
d'Armando, de l'écriture de la doc du GUI. Celle-ci se composerait de
3 parties :
1- une générale, explicative, sur ce qu'est LITpro 
(avec reprise des parties explicatives des articles existants, celui
de Goutelas 2006 et SPIE 2008)
--> fourniture à Olivier des fichiers latex.
2- un tutorial, basé sur des exemples, enrichissable au cours du temps
(démarrer avec celui de Goutelas, encore à jour jusqu'au sniffer
-la fonction a changé depuis-)
3- un "user manual" pour utiliser le GUI, qui comprendra une vidéo du
type de celle montrée par Guillaume et Sylvain en juin dernier, sur
un exemple précis.

Il est décidé de prendre comme exemple un exemple simple, celui du
disque uniforme sur des vraies données.
--> recherche de ces données (AMBER (Gilles), Arcturus (Isa :
redemander à S. Lacour))

o Evelyne : a commencé à plonger dans le code. RAS.
L'objectif est la recherche du minimum global.

o Martin :

Il a obtenu un poste d'IR à Fizeau-Nice, qui démarre le 1er décembre.
Il devrait pouvoir débloquer du temps pour continuer une activité au
sein du groupe.
En attendant, il peut :
- finaliser la mise au propre de l'écriture en yorick de plusieurs
modèles chromatiques simples (modèles d'étoiles en rotation/expansion
avec ligne d'emission/absorption)
- s'occuper de la documentation du GUI (principalement la partie 3)

o Armando :

comme Olivier, peu de disponibilité en novembre, mais peut contribuer
à la doc-GUI avant.

o Isa et Michel :

Depuis la dernière réunion du 16 juin, amélioration des fonctions de plot
de LITpro et rédaction du papier SPIE.

II- Actions à court terme sur le GUI et LITpro

GUI :

- ajouter les plots existants dans LITpro et non encore sur le GUI,
  comme le chi2, la sniffer_map.

- intégrer le passage au validateur oifits :
l'utilisateur doit vérifier si ses données sont au format OIFits.
C'est un test "informatif" qui lui indiquera s'il y a des écarts au
format. Si c'est le cas, c'est à lui de se débrouiller, pour faire
disparaître ces écarts.
Le passage du fichier de données à travers le validateur doit se faire
une seule fois (si le fichier est de nouveau appelé, ne pas refaire le
test --> mise d'un flag (c'est possible))

GUI/LITpro

homogénéiser les configs : s'assurer que le GUI travaille avec la
distrib. LITpro et la version Yorick compatibles avec celles de Lyon.

pour aider à cela : création d'un compte cral sur une machine du JMMC
à Grenoble où l'on pourra se connecter pour faire des essais.
 
LITpro :

- consolidation des fonctions modèles de base (assombrissement
  centre-bord) et changement des paramètres de ces fonctions comme
  décidé antérieurement.

- écriture de la fonction show_data 
 
- Rque : LITpro est assez tolérant quant au format de données : si
celles-ci ne sont pas parfaitement OIFits, elles peuvent néanmoins
être lues sans vraiment informer l'utilisateur des problèmes
contournés. Si nécessaire, LITpro pourrait donc aider à tester le
contenu des données OIFits en faisant remonter les pbs (par ex.
visibilité supérieure à 1).

16 Juin 2008

Minutes  de la téléconférence du lundi 16 juin 2008  -14h/16h -

Participants : Martin, Olivier, Armando, Guillaume,
 Gilles, Evelyne, Isabelle, Michel

Ordre du jour de la réunion :
1- tour de table
2- actions faites depuis la dernière réunion sur le GUI et LITpro
3- actions à court terme sur le GUI et LITpro
4- réflexions/discussions sur les pages Web

Prochaine réunion téléphonique fin septembre
(date fixée via Doodle début septembre).

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1- Tour de table

o Martin :
appelé à intervenir sur le logiciel au niveau notamment des fits
chromatiques (cf synthèse de Martin archivée sur la liste de diffusion
en mai 08)
Jusqu'à présent :
- prise de contact avec le code
- écriture de plusieurs modèles chromatiques simples (par ex.fond
continu + raie gaussienne) et simulations numeriques d'étoiles en
rotation avec émission, avec ou sans vitesse de fuite, et étoiles en
expansion
- travail sur l'estimation des visibilités différentielles
- écriture d'une routine pour extraire les SED des fichiers OIdata mais
la dernière version de amdlib fournit celle-ci.

o Isa & Michel : fit de données interféro. et SED avec fonction chromatique

- données = RLeo obtenues sur IOTA sur 4 bandes spectrales en K,
extraites du papier Perrin et al, A&A2004, 426, 279;
SED = 4 mesures en HJKL de Whitelock;
- modèle chromatique = équation dans le papier,
l'étoile est un disque entouré d'une couche moléculaire;

- fichier modèle = constitué de 5 targets ("TG"), la dernière étant la
SED et les 4 premières étant associées aux 4 canaux spectraux des
données interfero. Partage de paramètres entre eux, comme les
températures et la dimension angulaire de l'étoile et de la couche
mais paramètre chromatique (l'épaisseur optique) pour chacune des 4
longueurs d'onde.

- résultat = le fit des visibilités est similaire à celui du papier,
celui de la SED est meilleur, mais surtout :  le fit simultané SED et
visibilités est relativement facile (converge vers la même solution
sur une grande plage de jeux de  paramètres initiaux) alors que sans
SED, il faut fixer l'une des températures.
(plus de détails dans publi SPIE à venir)

Ce travail a permis également d'amorcer la réflexion sur la gestion de
paramètres vectoriels.

o Armando :
essai de fit via le GUI d'un fichier AMBER sur Canopus avec
une limb-darkening function. Plantage non reproduit à Lyon.
--> pour deboguer, se connecter sur une machine où le bug a lieu et
l'étudier.
Il est probable que le bug soit lié à la précision machine.

o Guillaume : cf point 2

2- actions faites depuis la dernière réunion sur le GUI et LITpro

o Guillaume :
- correction de bugs remontés par Armando
- affichage des resultats plus rapide
- uniformisation au sein des GUI du JMMC/LAOG au niveau de JAVA (travail
d'un stagiaire)
- validateur de données OIFits : peu de monde l'a encore testé.

o Isa & Michel :
- flags OI-data mis en place et testés
- nouveaux moyens de visualisation
* show_chi2 : plus besoin de fitter pour avoir le chi2 (fit à la main)
* show_normalize. alarme si résidu de normalisation non nul ("trop grand")
* plot sed
* plot continu des modèles, pas seulement sur les coordonnées des
données (radial_model-choix des angles de coupe-, sed_model)
- améliorations  de routines de diagnostics  (plots, visu, etc)
* localisation du min et max dans chi2_slice et sniffer_map
* triage des paramètres pour affichage (utile qd grand nombre de paramètres)
- manipulation des paramètres avec globing patterns (*) (grand nombre
de paramètres)
- amélioration interne  du code :
* fonctions de servive --> allègement du code
- lecture des données non-oidata
* expérimentation sur fichiers ascii

* à noter : la couche de lecture oi-data est en train d'être réécrite
pour MIRA, puis sera synchronisée avec LITpro. La re-synchronisation
avec MIRA est utile (elle permettra notamment l'écriture de fichiers
OIfits (en vue de données simulées) et l'importation de fichiers
acscii pourrait être implantée après.


3- actions à court terme sur le GUI et LITpro
(court terme = d'ici la prochaine réunion)

- GUI :
plot des données sans le modèle
besoin d'une documentation :
 - premier niveau :
o doc écrite  (Olivier, Armando, Martin) pour guider l'utilisateur
à travers le GUI
o démo. virtuelle (Guillaume, Sylvain) - montrée après la réunion -
solution attrayante !
- second niveau : sur les fonctions mêmes du logiciel apelées par le
GUI
récupérer la doc de LITpro; remonter les help des fonctions mais
est-ce suffisant ?

et continuer de tester à l'aide de nouvelles données et fits

- LITpro
* distrib avec les fonctions nouvelles écrites récemment
* changement de la nomenclature des paramètres dans bibliothèque de
fonctions modèles comme décidé en avril
* consolidation des fonctions d'assombrissement

4- réflexions/discussions sur les pages Web

- la page http://www.jmmc.fr/model_fitting_page.htm a été créée, pour
l'instant accessible par les membres du groupe qui seuls la
connaissent, sera ensuite une rubrique du site du JMMC.
elle est à compléter.
De même, le descriptif du groupe de travail est à actualiser sur le
site du JMMC.

- page twiki : à maintenir et faire vivre; d'elle partent les accès
aux autres pages du groupe

- page des données privées (non encore publiées)  http://apps.jmmc.fr/oidataPrivate/
il est décidé unanimement d'y accéder via un mot de passe unique

Pour conclure ce CR, on peut garder en tête la question de Gilles :
"qu'est-ce qui existe ailleurs, en matière de fit de données
hétérogènes (et polychromatiques) ?"
Des réponses seront peut-être données lors de la conférence SPIE la
semaine prochaine.

03 Avril 2008

Minutes brèves de la téléconférence du jeudi 3 avril 2008
-10h/12h40 -

Participants : Olivier,Denis, Armando, Martin, Romain, Guillaume,
 Gilles, Isabelle, Michel

Ordre du jour de la réunion :
1- point sur le GUI (accès VNC sur poste de Guillaume)
2- point sur LITpro et sur les données tests via les pages wiki
3- validateur oi-fits développé par Guillaume : status
4- réflexion à avoir sur notre façon de communiquer ? + Mise en place
d'une liste de diffusion : est-il temps ou est-ce prématuré ?

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1.Démonstration du GUI (avec Olivier aux manettes)
- effort sur les plots effectué.

A faire :
o plotter separement les T3, VIS2, VISamp...
o pouvoir visualiser les données avant de leur associer un modèle

A noter (demande de Guilaume):
dorénavant, veiller à utiliser la version STABLE de GUI uniquement (et
non plus la version BETA sur laquelle travaille Guillaume). Les
basculements seront plus fréquents entre les 2 versions.


2.Discussions/réflexions à partir des données testées. Point sur LITpro

- sur RY Sgr : les erreurs étaient dues à une malformation des fichiers
  (ucoord=vcoord=0 et mauvaises unités spectrales). Après corrections,
  l'ajustement montre que les données (MIDI) sont fortement corrélées (chi2
  reduit << 1).

Rappel : LITpro est conçu pour fitter des données de format OIFits,
i.e. des visibilités calibrées (i.e. normalisée à 1 à l'origine). Une
hypothèse de base est l'indépendance des mesures.

Plusieurs sources de corrélation des mesures existent sur les instruments,
ce qui contredit l'hypothèse de base. Par ordre d'importance:
- Calibration photométrique (normalisation à l'origine)
- sur-échantillonnage en fonction de la longueur d'onde

A faire :

o permettre de travailler sur les données brutes, i.e. avant
  normalisation, pour fitter objet et calibrateur(s) en parallèle. Il
  faut définir comment distinguer les données brutes des données
  calibrés OIFits. Possibilités (rien n'a encore été décidé):
  - nouvelles tables dans les OIFits ? (e.g OI_VIS  -->  OI_VIS_RAW)
  - Flag dans les fichiers OIfits ?

Avant de décider, avoir une vision claire de ce que "subissent" les
mesures de MIDI jusquà ce qu'elles deviennent des fichiers OIData :
écrire si possible sous forme analytique, lister erreurs et biais
(action Olivier)

o Olivier va corriger les autres fichiers de données de RY Sgr
  (tabvis***) et faire un fit global. Les variations photométriques
  entre les divers calibrateurs devraient permettre d'obtenir une
  value du chi2 plus raisonnable.

- sur Achernar
explication du paramètre weight et de l'option "Normalize" dans les
settings (à implanter dans la doc).

A faire :
o option "normalisation "on" ou "off" du modèle à remonter dans le GUI
o finaliser le choix de la dénomination des paramètres des fonctions
géométriques de base : avant le 9 avril 2008
o créer une page de données  partagées uniquement au sein du groupe
(accès avec password).  Y mettre les données non encore publiques,
notamment celles permettant de tester le fit multi-chromatique
o remonter les outils de diagnostic (sniffer et chi2-slice) dans le GUI

Récapitulatif des améliorations de LITpro depuis la dernière fois:

- Suite aux tests d'Olivier, des bornes par défaut sont maintenant définies
  dans les fonctions de base et remontées par l'interface.
- Suite aux tests d'Olivier avec un fichier OIData mal formé, durcissement
  du calcul des matrices de covariance.
- Le problème du calcul des fréquences spatiales détecté par Armando
  (erreur sur la longueur d'onde lorsqu'il y a plusieurs tables WAVELENGTH)
  a été corrigé.
- Plusieurs corrections dans le fitter, en particulier sur le respect
  strict des bornes.
- Les fonctions de base géométriques sont maintenant toutes fiabilisées. Il
  reste à effectuer la même opération sur les fonctions d'assombrissement
  centre-bord.

- Amélioration de l'outil pour produire les distributions. Une nouvelle
  distribution sera faite après la fiabilisation des fonctions
  d'assombrissement centre-bord.


3. Le validateur de données OIFits a fait ses premiers pas, avec
succès.
Il sera accessible prochainement via une page web.
On lui donne le fichier; il nous renvoie les champs existants et ceux
qui devraient y être mais qui n'y sont pas.

4. Pas de consensus sur "uniquement page Twiki" ni sur "la mise en
place d'une liste de diffusion". Donc compromis avec l'utilisation du
mail incluant commentaires, explications avec pointage si besoin sur
la page Twiki. et sur celle-ci, trace des echanges, actions à faire,
etc. On refera le point la prochaine fois.
besoin également d'un lieu dédié au debogage (où sont répertoriés les
bugs rencontrés et leur status) mais pas de conclusion nette à ce
sujet.

Prochaine réunion téléphonique entre la mi-mai et fin mai (date fixée
via Doodle fin avril).
A noter : venue de Martin à Lyon du 28 au 30 avril.

19 Fevrier 2008

Minutes brèves de la téléconférence du mardi 19 février 2008
-10h/11h40 -

Participants : Olivier, Armando, Guillaume, Sylvain, Isabelle, Michel

Objectifs de la réunion :
1- éclaircir les actions possibles d'Armando et Olivier
2- découvrir l'interface graphique développée par Guillaume
3- décider comment d'organiser au mieux

1. Armando et Olivier ont des données AMBER, MIDI d'objets pas trop
compliqués + des calibrateurs : ces données peuvent servir :
- à s'exercer sur LITpro
- via l'interface
- à alimenter in fine LITpro avec des exemples (du type Obj1 de
Goutelas) pour aider aux tests et à l'initiation au logiciel de
l'utilisateur lambda.

discussion sur le format des données : peu de ces données sont sous
format OIFits, mais simplement ASCII.
Double consensus sur :
- le fait que le Model Fitting ne travaille qu'avec le format standard
des données, i.e. OIFits; à l'utilisateur de transformer si besoin le
format de ses données
- le besoin d'un "validateur - intégrateur" de données OIFits.
l'idéal serait de produire des convertisseurs des anciennes données de MIDI
ou d'AMBER vers le format OIFits, (opération plutôt manuelle avec la
solution sous IDL de J. Monnier)
action en projet au sein du groupe de Guillaume, pour la validation (en
discussion pour l'intégration)

2. Démo. de l'interface graphique via VNC par Guillaume
http://jmmc.fr/~mella/LITpro
- "révision" de certaines caractéristiques de LITpro (comme le
partage d'un paramètre par plusieurs briques, etc).
- présentation de qques potentialités de topcat

3. Actions pour organiser la collaboration entre les membres du mini-groupe :
- Mise en place d'une page Twiki, lieu d'échanges et de visualisation
des avancées, questions et réponses du groupe
possibilité d'activer le service de Notification (on reçoit un mail
lorsque la page a été modifiée).
- Mise en commun de données : sur une page web gérée par Guillaume.
Au départ : simplement, puis de manière + sophistiquée plus tard (par
ex., avec accès protégé pour certaines données)
- RdV ~ mensuels par téléconf (1 heure max) pour faire le point :
prochaine téléconf. entre le 17 et le 28 mars (TBF par mail).

- réactivation d'une liste de diffusion dans un mois environ, une fois
  que les actions du mini-groupe seront bien lancées.

(copie de ces minutes à Denis et Romain - qui se réunissent vendredi
avec Armando et Olivier qui leur montreront l'interface graphique );)