(r47) JmmcAmberDrs < Jmmc/Software

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---+!! <center>AMBER Data Reduction Software</center>

%TOC%

---++ Introduction
Le but de cette activité consiste à reprendre le _plugin_ existant _ammyorick_, et :
   * d'intégrer le plugin dans le module _amdlib_,
   * de mettre en place la génération automatique du _wrapper_ des fonctions de la librarie de réduction de données _amdlib_,
   * d'extraire, remettre en forme et documenter les fonctions Yorick strictement nécessaires à la réduction des données AMBER,
   * d'extraire le plugin cftisio, et le placer dans le module _yoco_ ; module des contributions Yorick du LAOG
   * d'extraire les fonctions d'usage général du module et le placer dans le module _yoco_ 
   * de décomposer la procédure _check data quality_ (voir [[AmberDrs13Fev2007][réunion du 13 février]]), 
      * calcul des visibilités brutes,
      * sélection d'images,
      * calcul des visibilités moyennées
      * calcul de visibilités calibrées
      * visionneur de fichiers OI-FITS s'adaptant au contenu
   * d'intégrer la génération (non basée sur Latex) du fichier pdf au visionneur 
   * de fournir une procédure d'installation simplifiée
   * de finaliser la documentation utilisateur

Le responsable scientifique est Main.FabienMalbet, et la responsable technique est Main.EvelyneAltariba.

---++ Procédure d'installation
La procédure d'installation a été simplifiée, et est décrite sur la [[AmberDrsInstallation][page suivante]]

---++ Documentation utilisateur
La documentation utilisateur doit :
   * refléter la dernière version du logiciel, 
   * inclure des exemples,
   * préciser les limites d'utilisation,
   * fournir les _justifications_ scientifiques (référence aux publications)

---++ Liste des beta-testeurs
   * Emmanuel Di Folco ([[mailto:Emmanuel.DiFolco@obs.unige.ch][Emmanuel.DiFolco@obs.unige.ch]])
   * Jörg-Uwe Pott ([[mailto:pott@ph1.uni-koeln.de][pott@ph1.uni-koeln.de]])
   * Olivier Chesneau ([[mailto:Olivier.Chesneau@obs-azur.fr][Olivier.Chesneau@obs-azur.fr]])

---++ Action en cours
%ACTION{ closed="22-Mar-2007" closer="" created="13-Nov-2006" creator="Main.GerardZins" due="9-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000175" who="Main.GuillaumeMella" }% <<EOF
Creer la page Web et mettre en ligne pour le telechargement du logiciel AMBER DRS 

J'ai rajoute une partie des fichiers necessaires dans le module download du repository /cvs/www. J'ai aussi mis un fichier dummy.tgz 
Voici un exemple de page qui permet le telechargement. 
http://jmmc.fr/~mella/files/amber-drs.htm
EOF
%ACTION{ closer="" created="2-Jan-2007" creator="Main.GerardZins" due="9-Mar-2007" notify="" state="open" uid="000291" who="Main.GerardZins" }% Créer une page pour le téléchargement des 'contrib' (fftw, cfitsio, rlterm, yorick) accessible par tous.
%ACTION{ closed="26-Feb-2007" closer="" created="19-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="21-Feb-2007" notify="" state="closed" uid="000435" who="Main.EvelyneAltariba" }% Terminer l'implementation de la lecture des fichiers OI-FITS pour le calcul des visibilites calibrees et l'affichage des visibilites
%ACTION{ closed="26-Feb-2007" closer="" created="19-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="21-Feb-2007" notify="" state="closed" uid="000436" who="Main.EvelyneAltariba" }% Terminer l'implementation de l'ecriture de fichiers OI-FITS pour la sauvegardes visibilites calibrees
%ACTION{ closed="2-Mar-2007" closer="" created="19-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="26-Feb-2007" notify="" state="closed" uid="000437" who="Main.EvelyneAltariba" }% Rediger une version 'draft' du manuel utilisateur
%ACTION{ closed="26-Feb-2007" closer="" created="19-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="26-Feb-2007" notify="" state="closed" uid="000438" who="Main.EvelyneAltariba" }% Implementer la sauvegarde des visibilites non moyennees, apres selection (possibilites d'enchainer les selections)
%ACTION{ closed="2-Mar-2007" closer="" created="19-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="28-Feb-2007" notify="" state="closed" uid="000439" who="Main.EvelyneAltariba" }% Implementer la selection a partir d'une liste fournie par l'utilisateur (fournie par fichier externe)
%ACTION{ created="25-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="9-Mar-2007" state="open" uid="000464" who="Main.EvelyneAltariba" }% Inclure la description du fichier de selection de frame dans le document 'VLT-SPE-AMB-15830-3984 - AMBER PRODUCT DATA SPECIFICATION'
%ACTION{ closed="23-Mar-2007" closer="" created="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="9-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000469" who="Main.GillesDuvert" }% Regarder et valider/corriger les calculs relatifs a la photometrie dans amdlib. Corrigé plusieurs erreurs.
%ACTION{ closed="13-Mar-2007" closer="" created="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="9-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000470" who="Main.EvelyneAltariba" }% Completer le header du fichier contenant la selection de frames; inclusion de l'historique
%ACTION{ closed="19-Mar-2007" closer="" created="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="9-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000471" who="Main.EvelyneAltariba" }% Regler le probleme des mots cles lors de noms de fichier tres long; faire du 'cropping'
%ACTION{ closed="26-Feb-2007" closer="" created="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="26-Feb-2007" notify="" state="closed" uid="000472" who="Main.EvelyneAltariba" }% Integrer la selection de frames dans le plugin Yorick
%ACTION{ closed="23-Mar-2007" closer="" created="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="23-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000474" who="Main.EvelyneAltariba" }% Reprendre les fonctions relatifs aux coordonnees UV suite aux changements faits par Gilles
%ACTION{ created="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="9-Mar-2007" state="open" uid="000475" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire l'inventaire des fonctions Yorick, et decider des fonctions publiques/privees
%ACTION{ closed="3-Mar-2007" closer="" created="1-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="2-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000482" who="Main.GerardZins" }% Compiler le logiciel sur <nop>MacOs
%ACTION{ closed="21-Mar-2007" closer="Main.FlorentinMillour" created="3-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="5-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000488" who="Main.FlorentinMillour" }% Implementer le visionneur de fichier OI-FITS : FAIT !
%ACTION{ created="21-Mar-2007" creator="Main.FlorentinMillour" due="4-Apr-2007" state="open" uid="000001" who="" }% Lire les fichiers du pipeline ESO
%ACTION{ created="3-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="5-Mar-2007" state="open" uid="000489" who="Main.FlorentinMillour" }% Implementer le calcul des visibilites calibrees
%ACTION{ closed="3-Mar-2007" closer="" created="3-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="2-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000490" who="Main.GerardZins" }% Corriger la fonction _BYTYPE_ dans le selecteur de fichiers
%ACTION{ closed="3-Mar-2007" closer="" created="3-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="2-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000491" who="Main.GerardZins" }% Corriger la selection mulitple dans le selecteur de fichiers; les traits de soulignement ne sont plus sous les fichiers selectionnes
%ACTION{ closed="3-Mar-2007" closer="" created="3-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="2-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000492" who="Main.GerardZins" }% Remettre l'affichage des _science data_ dans la fonction amdlibShowRawData
%ACTION{ closed="3-Mar-2007" closer="" created="3-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="8-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000494" who="Main.GerardZins" }% <<EOF
Transferer (si justifie) les fonctions _amdlibGetKwdVals et _amdlibGetKeywValues dans le plugin cfitsio  
   * La fonction _amdlibGetKeywValues() a ete supprime car non utilisee  
   * La fonction _amdlibGetKwdVals() doit etre mise a jour pour pourvoir etre incluse dans le plugin,
EOF
%ACTION{ closed="21-Mar-2007" closer="" created="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="16-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000558" who="Main.FlorentinMillour" }% Changer la justification des parametres lors de la generation de la documentation
%ACTION{ created="12-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="16-Mar-2007" state="open" uid="000559" who="Main.FlorentinMillour" }% Resoudre le probleme d'affichage des 'raw data' ayant 2 rows et plus
%ACTION{ closed="21-Mar-2007" closer="" created="12-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="13-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000560" who="Main.FlorentinMillour" }% Fournir un jeu de donnees (incluant tous les fichier pour P2VM, calibration spectrale et calcul visibilites) pour exemple : il s'agit des données SDT de alpha Arae disponible à https://www.eso.org/projects/vlti/instru/amber/amber_data_sd_alfara.html
%ACTION{ created="12-Mar-2007" creator="Main.SylvainCetre" due="13-Mar-2007" state="open" uid="000564" who="Main.FlorentinMillour" }% Faire preciser le format utilisable pour la table des spectres
%ACTION{ closed="14-Mar-2007" closer="" created="12-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="13-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000570" who="Main.EvelyneAltariba" }% Mettre a jour la fonction GetAllData pour supprimer les des-allocations
%ACTION{ closed="2-Apr-2007" closer="" created="13-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="19-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000573" who="Main.FlorentinMillour" }% <<EOF
Definir le nom des fichiers et/ou arborescence pour les resultats par le DRS 
Defini par Fabien
EOF
%ACTION{ closed="29-Mar-2007" closer="" created="14-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="16-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000583" who="Main.EvelyneAltariba" }% Ajouter une 'barre de progression' lors des operations prenant 'beaucoup' de temps
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" state="open" uid="000589" who="Main.EvelyneAltariba" }% Coder l'ecriture/utilisation/lecture des flags indiquant si les donnees ont un sens dans les tables oi-fits
%ACTION{ closed="23-Apr-2007" closer="" created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000590" who="Main.EvelyneAltariba" }% Envoyer un mail a FMa, FMi, GD expliquant le fonctionnement des flags + attente de validation
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" state="open" uid="000591" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire un vrai beau grand paragraphe sur la selection de frames dans le manuel utilisateur.
%ACTION{ closed="27-Mar-2007" closer="" created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="20-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000592" who="Main.EvelyneAltariba" }% <<EOF
Ajouter les informations relatives a la souris + a l'utilisation du browser dans le plugin yorick. 
Fait dans yocoGui.i
EOF
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" state="open" uid="000593" who="Main.EvelyneAltariba" }% Finaliser le manuel utilisateur: faire des captures d'ecran sur le modele Alpha Arae, corriger les fautes d'orthographe, expliquer plus en details...
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" state="open" uid="000594" who="Main.EvelyneAltariba" }% Finir la reprise de la documentation + des regles de programmation du plugin yorick. (aide de GD+FMI?)
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" state="open" uid="000595" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire un script utilisant les donnees sur Alpha Arae + insertion des commandes dans le manuel utilisateur.
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" state="open" uid="000596" who="Main.EvelyneAltariba" }% Ecrire les 2 fonctions amdlibCheckDataQuality + amdlibCheckObsQuality.
%ACTION{ closed="2-Apr-2007" closer="" created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000597" who="Main.EvelyneAltariba" }% <<EOF
Aider Florentin a debugger son code - tests 2T, cas limites... 
Action annulee
EOF
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" state="open" uid="000598" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire une revue du code yorick dans son ensemble.
%ACTION{ closed="30-Mar-2007" closer="" created="22-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="27-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000011" who="Main.GerardZins" }% Mettre a jour le wrapper Yorick et amdlibWrapper
%ACTION{ closed="23-Apr-2007" closer="" created="18-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="20-Apr-2007" notify="" state="closed" uid="000051" who="Main.GerardZins" }% <<EOF
Prendre contact avec Isabelle et Pascal pour discuter des propositions de changements. 
Acceuil plutot favorable de la proposition
EOF
---++ Liste des fonctions
%EDITTABLE{ format="| text, 30, Fonction | text, 25, File | text, 80,  Description | select, 1, no, yes | " changerows="on" }%
| *Fonction* | *File* | *Description* | *Public* |
| amdlibPerformFrameSelection | amdlibDataQuality.i | Performs a frame selection on input OI-FITS file | yes |
| amdlibCalibrateOiData | amdlibDataQuality.i | Calibrates oi data | yes |
| amdlibAppendCalibKeywords | amdlibDataQuality.i | Appends keywords in primary header so as to keep history after data calibration | no |
| amdlibFile | amdlibFile.i | Describes functions present in amdlibFile.i file | yes |
| amdlibFileChooser | amdlibFile.i | Displays a graphical file browser customized for AMBER data files | no |
| amdlibCreateLog | amdlibFile.i | Creates a log file from files of given directory. | yes |
| amdlibReadLog | amdlibFile.i | Reads a log file. | no |
| amdlibGetColorsByFileType | amdlibFile.i | Return colors for the list of files. | no |
| _amdlibIsCalFile | amdlibFile.i | Determine if files given as input are calibration ones. | no |
| _amdlibGetKwdVals | amdlibFile.i | Reads keywords' values in the specified fits files. | no |
| amdlibCopyright | amdlibGraphics.i | Prints copyrights in the plots. | no |
| amdlibPlotColorLookupTable | amdlibGraphics.i | Plots a color lookup table in a color bar. | no |
| amdlibPlotCascade | amdlibGraphics.i | Produce a "waterfall" plot of the data cube image. | no |
| amdlibPlotOiVisGraphs | amdlibGraphics.i | Plots oi Vis graphs. | no |
| amdlibPlotVisMap | amdlibGraphics.i | Plots square visibilities as a function of frame number. | no |
| amdlibPlotWithErrBars | amdlibGraphics.i | Plots a graph of y versus x with error bars.  | no |
| amdlibPlotSquareVis | amdlibGraphics.i | Plots the squared visibilities in function of wavelength | no |
| amdlibPlotPhase | amdlibGraphics.i | Plots a phase vector as a function of wavelength. | no |
| amdlibPlotClosurePhase | amdlibGraphics.i | Plots phase closure as a function of wavelength. | no |
| amdlibPlotSpectrum | amdlibGraphics.i | Plots spectrum as a function of wavelength | no |
| amdlibPlotCorrelation | amdlibGraphics.i | Correlation plot function | no |
| amdlibShowOiData | amdlibGraphics.i | Shows all necessary information relative to an OI-FITS file. | yes |
| amdlib | amdlib.i | Describes main Yorick functions related to amdlib plugin | yes |
| amdlibSetOiVis | amdlibOiStructures.i | From a set of yorick arrays, builds an amdlibVIS structure. | no |
| amdlibGetAllVisData | amdlibOiStructures.i | Gets all data contained in the amdlibVIS input structure | no |
| _amdlibGetCpxVis | amdlibOiStructures.i | Gets the complex weighted visibilities | no |
| _amdlibGetSigma2CpxVis | amdlibOiStructures.i | Gets variances on the complex weighted visibilities | no |
| _amdlibGetDiffAmplitude | amdlibOiStructures.i | Gets the amplitudes of the differential visibilities. | no |
| _amdlibGetErrDiffAmplitude | amdlibOiStructures.i | Gets errors on the amplitudes of the differential visibilities | no |
| _amdlibGetDiffPhase | amdlibOiStructures.i | Gets the phases of the differential visibilities | no |
| _amdlibGetErrDiffPhase | amdlibOiStructures.i | Gets errors on the phases of the differential visibilities | no |
| _amdlibGetVisCovRI | amdlibOiStructures.i | Gets the covariance of coherent flux (RI).<br />  | no |
| _amdlibGetVis2 | amdlibOiStructures.i | Gets the squared visibilities values. | no |
| _amdlibGetErrVis2 | amdlibOiStructures.i | Gets errors on the squared visibilities values. | no |
| _amdlibGetUCoord | amdlibOiStructures.i | Gets the Fourier space coordinates array. | no |
| _amdlibGetVCoord | amdlibOiStructures.i | Gets the Fourier space coordinates array. | no |
| amdlibGetAllVis2Data | amdlibOiStructures.i | Gets all data contained in the amdlibVIS2 input structure | no |
| amdlibSetOiVis2 | amdlibOiStructures.i | From a set of yorick arrays, builds an amdlibVIS2 structure. | no |
| amdlibGetClosAmp | amdlibOiStructures.i | Gets the complex bispectrum amplitude values.  | no |
| amdlibGetClosAmpErr | amdlibOiStructures.i | Gets errors on the complex bispectrum amplitude values. | no |
| amdlibGetClosPhase | amdlibOiStructures.i | Gets the complex bispectrum phase values.  | no |
| amdlibGetClosPhaseErr | amdlibOiStructures.i | Gets errors on the complex bispectrum phase values. | no |
| _amdlibGetU1Coord | amdlibOiStructures.i | Gets the Fourier space U coordinates array for 1st baseline of a closure triplet | no |
| _amdlibGetU2Coord | amdlibOiStructures.i | Gets the Fourier space U coordinates array for 2d baseline of a closure triplet | no |
| _amdlibGetV1Coord | amdlibOiStructures.i | Gets the Fourier space V coordinates array for 1st baseline of a closure triplet | no |
| _amdlibGetV2Coord | amdlibOiStructures.i | Gets the Fourier space V coordinates array for 2d baseline of a closure triplet | no |
| amdlibGetAllVis3Data | amdlibOiStructures.i | Gets all data contained in the amdlibVIS3 input structure | no |
| amdlibSetOiVis3 | amdlibOiStructures.i | From a set of yorick arrays, builds an amdlibVIS3 structure. | no |
| _amdlibGetFrgContrastSNR | amdlibOiStructures.i | Gets the averaged over the frames fringe contrast SNR | no |
| _amdlibGetTime | amdlibOiStructures.i | Gets the dates each frame was observed. | no |
| _amdlibGetFluxSumPiPj | amdlibOiStructures.i | gives the sum of fluxes coming from beam i and j injected in the interferogram. | no |
| amdlibGetFluxSumPiPjErr | amdlibOiStructures.i | sum of Fluxes Errors coming from beam i and j injected in the interferogram. | no |
| _amdlibGetFluxRatPiPj | amdlibOiStructures.i | Ratio of flux Pi and flux Pj that are present in the interferogram. | no |
| amdlibGetFluxRatPiPjErr | amdlibOiStructures.i | Ratio of errors on flux Pi and flux Pj that are present in the interferogram. | no |
| _amdlibGetPiMultPj | amdlibOiStructures.i | Vector Product of illuminations coming from beam i and coming from beam j | no |
| amdlibGetAllPhotData | amdlibOiStructures.i | Gets all data contained in the amdlibPHOTOMETRY input structure | no |
| amdlibSetPhotometry | amdlibOiStructures.i | From a set of yorick arrays, builds an amdlibPHOTOMETRY structure. | no |
| amdlibGetAllPistonData | amdlibOiStructures.i | Gets all data contained in the amdlibPISTON input structure | no |
| amdlibSetPiston | amdlibOiStructures.i | From a set of yorick arrays, builds an amdlibPISTON structure. | no |
| amdlibGetAllWaveData | amdlibOiStructures.i | Gets all data contained in the amdlibWAVELENGTH input structure | no |
| amdlibSetWave | amdlibOiStructures.i | From a set of yorick arrays, builds an amdlibWAVELENGTH structure. | no |
| amdlibComputeAllP2vm | amdlibP2VM.i | Computes all P2VMs from a set of calibration files located in input directory | yes |
| amdlibComputeP2vm | amdlibP2VM.i | Computes a specific P2VM | yes |
| amdlibShowP2vm | amdlibP2VM.i | Plots the most relevant data contained in the specified P2VM file. | yes |
| amdlibLoadOneP2vm | amdlibP2VM.i | Loads a P2VM and store the result into yorick arrays. | yes |
| amdlibGetTimeStamp | amdlibP2VM.i | Gets the time stamp. | no |
| amdlibVersion | amdlibPlugin.i | Prints or gets the version of amdlib. | yes |
| amdlibLoadRawData | amdlibPlugin.i | Loads raw data from a specific file. | yes |
| amdlibLoadRawDataHdr | amdlibPlugin.i | Loads raw data description information from a specific file. | no |
| amdlibLoadRawFrames | amdlibPlugin.i | Loads frames data from a specific file. | no |
| amdlibReleaseRawData | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store raw data. | no |
| amdlibCalibrateRawData | amdlibPlugin.i | Applies cosmetic corrections on raw data | yes |
| amdlibReleasePixelBiasData | amdlibPlugin.i | Release memory allocated for pixel bias data. | no |
| amdlibGetRawData | amdlibPlugin.i | Gets data stored in raw data structure and places them in amdlibREGION structure | no |
| amdlibSetRawData | amdlibPlugin.i | Replaces the data stored in raw data structure | no |
| amdlibLoadBadPixelMap | amdlibPlugin.i | Loads a bad pixel map file. | no |
| amdlibSetBadPixelMap | amdlibPlugin.i | Set all values to the bad pixel map to the given value. | no |
| amdlibGeneratePixelBiasData | amdlibPlugin.i | Computes the pixel bias from the given raw data. | no |
| amdlibGetPixelBiasData | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in pixel bias data structure  | no |
| amdlibSetPixelBiasData | amdlibPlugin.i | Replaces the data stored in pixel bias data structure | no |
| amdlibCreatePixelBiasData | amdlibPlugin.i | Generates a pixel bias map containing the specified value for all pixels. | no |
| amdlibSetFlatFieldMap | amdlibPlugin.i | Set all values to the flat field map to the given value. | no |
| amdlibLoadFlatFieldMap | amdlibPlugin.i | Loads a flat field map file. | no |
| amdlibGetWaveDataFromRawData | amdlibPlugin.i | Retrieve wave data structure from the specified raw data. | no |
| amdlibGetWaveDataFromP2vm | amdlibPlugin.i | Retrieve wave data structure from the specified p2vm. | no |
| amdlibGetOiArrayFromRawData | amdlibPlugin.i | Retrieve OI array structure from the specified raw data. | no |
| amdlibReleaseOiArray | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store OI array information. | no |
| amdlibGetOiArray | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in OI_ARRAY data structure | no |
| amdlibGetOiTargetFromRawData | amdlibPlugin.i | Retrieve OI target structure from the specified raw data. | no |
| amdlibReleaseOiTarget | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store OI target information. | no |
| amdlibGetOiTarget | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in OI_TARGET data structure | no |
| amdlibRawData2ScienceData | amdlibPlugin.i | Extracts from raw data the science data  | no |
| amdlibGetScienceData | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in science data structure | no |
| amdlibReleaseScienceData | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store science data. | no |
| amdlibSetScienceData | amdlibPlugin.i | Copies a science data structure | no |
| amdlibLoadP2VM | amdlibPlugin.i | Loads a P2Vm from given file. | no |
| amdlibReleaseP2VM | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store a P2VM | no |
| amdlibGetP2vm | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in P2VM data structure | no |
| amdlibAddToP2vmData | amdlibPlugin.i | Extracts science data from raw data, and stores them into a P2VM data structure. | no |
| amdlibReleaseP2vmData | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store P2VM.  | no |
| amdlibComputeP2VM | amdlibPlugin.i | Computes the P2VM | no |
| amdlibSaveP2VM | amdlibPlugin.i | Saves the P2VM. | no |
| amdlibComputeVisibilities | amdlibPlugin.i | Compute the raw visibilities and pistons. | no |
| amdlibReleasePhotometry | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store photometry. | no |
| amdlibReleaseVis | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store visibilities values | no |
| amdlibReleaseVis2 | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store square visibilities values | no |
| amdlibReleaseVis3 | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store closure phases values | no |
| amdlibReleaseWavelength | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store wavelength values | no |
| amdlibReleasePiston | amdlibPlugin.i | Release memory allocated to store piston values  | no |
| amdlibWriteOiFile | amdlibPlugin.i | Writes OI files from the AMBER data contained in the amdlib structures | no |
| amdlibReadOiFile | amdlibPlugin.i | Reads OI files and stored read informations in the amdlib structures | no |
| amdlibGetPhot | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in PHOTOMETRY data structure  | no |
| amdlibGetVis | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in VIS data structure  | no |
| amdlibGetVis2 | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in VIS2 data structure  | no |
| amdlibGetVis3 | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in VIS3 data structure  | no |
| amdlibGetWavelength | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in WAVELENGTH data structure  | no |
| amdlibGetPiston | amdlibPlugin.i | Gets the data stored in PISTON data structure  | no |
| amdlibShowRawData | amdlibRawData.i | Plots an image of the frames contained in a fits file created by AMBER | yes |
| amdlibLoadAndCalRawData | amdlibRawData.i | Reads an AMBER raw data file and returns the AMBER detector windows. | no |
| _amdlibLoadAndCalRawData | amdlibRawData.i | Loads a raw data file, and calibrate if bad pixel map and flat-field are given. | no |
| _amdlibGetRawData | amdlibRawData.i | From a raw data structure, returns frames, wlen, ron, phot and interf | no |
| _amdlibGetScienceData | amdlibRawData.i | From a raw data structure, computes the science data structure. | no |
| _amdlibGetVLTILocation | amdlibUV.i | Gets the location on VLTI. | no |
| _amdlibComputeUvwCoord | amdlibUV.i | Corrects uvw coordinates using base vector. | no |
| amdlibGetVLTIBaseVect | amdlibUV.i | Gets the geographical coordinates based on VLTI stations. | no |
| _amdlibPlotVLTIStations | amdlibUV.i | Plots different VLTI stations. | no |
| amdlibComputeBaseVect | amdlibUV.i | Computes projected baselines from given file. | no |
| amdlibComputUvCoord | amdlibUV.i | Computes and corrects uv coordinates stored in input OI-FITS file | no |
| amdlibGetUVCoordinates | amdlibUV.i | Reads and corrects uv coordinates stored in input OI-FITS | no |
| amdlibPlotUVCoordinates | amdlibUV.i | Plots UV coordinates. | no |
| amdlibPlotUsedVLTIStations | amdlibUV.i | Plots used VLTI stations. | no |
| amdlibComputeAllOiData | amdlibVis.i | Computes all OI-FITS files relative to observation files in current directory | yes |
| _amdlibComputeTime | amdlibVis.i | From an AMBER date format, returns a number of seconds | no |
| amdlibComputeOiData | amdlibVis.i | computes visibilities relative to input observation file | yes |
| _amdlibReadVis | amdlibVis.i | Load visibility data and store them into yorick arrays. | no |
| _amdlibCorrectNans | amdlibVis.i | Replaces all the "not a number" (NaN) values by input value | no |
| _amdlibIsNan | amdlibVis.i | Check if the figure is tagged as NaN | no |
| _amdlibIsInf | amdlibVis.i | Check if the figure is tagged as infinite | no |
| _amdlibCorrectInfs | amdlibVis.i | Replaces all the infinite values in an array by value given as input. | no |

---++ Evolutions à l'étude
Il apparait nécessaire de faire évoluer le format des fichiers produits par AMBER DRS pour y inclure le spectre par téléscope, et préciser la signification des données de la la table =AMBER_DATA=.
Les propositions suivantes sont à discuter :
   * Changement des noms des colonnes de la table =AMBER_DATA=
      * =BASE_FLUX_SUM= & =BASE_FLUX_SUM_CORRECTION= 
      * =BASE_FLUX_RATIO= & =BASE_FLUX_RATIO_CORRECTION=
      * =BASE_FLUX_PRODUCT= 

   * Ajout d'une table pour stocker le spectre par téléscope; le format de cette table doit etre discuter avec l'ESO pour adopter un format qu'il utilise deja.
   
   * Suppression de la table =AMBER_DATA= dans le produit final du DRS; seul le fichier de visibilités brutes contient cette table qui est nécessaire pour calculer les observables moyennés. %X% Cette proposition sous-entend la suppression des infos sur le piston!!

   * Uniformisation des produits du DRS JMMC et du pipeline ESO

   * Discussion de la valeur de keywords DPR pour les fichiers resultants de pipeline; en particulier 'raw vis', 'avg vis' et 'cal vis'

   * Signaler le pb des keywords PRO; VALUE est utilise alors que SVALUE, DVALUE, ... sont definis

   * Discuter les keyords OCS pour l'instrument contrast
 
   * Mettre le _flat field_ et la _bad pixel_ en global 

-- Main.GerardZins - 08 Jan 2007
Topic revision: r47 - 2007-04-23 - GerardZins