JmmcAmberDrs < Jmmc/Software

---+!! <center>AMBER Data Reduction Software</center>

%TOC%

---++ Introduction
Le but de cette activité consiste à reprendre le _plugin_ existant _ammyorick_, et :
   * d'intégrer le plugin dans le module _amdlib_,
   * de mettre en place la génération automatique du _wrapper_ des fonctions de la librarie de réduction de données _amdlib_,
   * d'extraire, remettre en forme et documenter les fonctions Yorick strictement nécessaires à la réduction des données AMBER,
   * d'extraire le plugin cftisio, et le placer dans le module _yoco_ ; module des contributions Yorick du LAOG
   * d'extraire les fonctions d'usage général du module et le placer dans le module _yoco_ 
   * de décomposer la procédure _check data quality_ (voir [[AmberDrs13Fev2007][réunion du 13 février]]), 
      * calcul des visibilités brutes,
      * sélection d'images,
      * calcul des visibilités moyennées
      * calcul de visibilités calibrées
      * visionneur de fichiers OI-FITS s'adaptant au contenu
   * d'intégrer la génération (non basée sur Latex) du fichier pdf au visionneur 
   * de fournir une procédure d'installation simplifiée
   * de finaliser la documentation utilisateur

Le responsable scientifique est Main.FabienMalbet, et la responsable technique est Main.EvelyneAltariba.

---++ Procédure d'installation
La procédure d'installation a été simplifiée, et est décrite sur la [[AmberDrsInstallation][page suivante]]

---++ Documentation utilisateur
La documentation utilisateur doit :
   * refléter la dernière version du logiciel, 
   * inclure des exemples,
   * préciser les limites d'utilisation,
   * fournir les _justifications_ scientifiques (référence aux publications)

---++ Liste des beta-testeurs
   * Emmanuel Di Folco ([[mailto:Emmanuel.DiFolco@obs.unige.ch][Emmanuel.DiFolco@obs.unige.ch]])
   * Jörg-Uwe Pott ([[mailto:pott@ph1.uni-koeln.de][pott@ph1.uni-koeln.de]])
   * Olivier Chesneau ([[mailto:Olivier.Chesneau@obs-azur.fr][Olivier.Chesneau@obs-azur.fr]])

---++ Action en cours
%ACTION{ closer="" created="2-Jan-2007" creator="Main.GerardZins" due="25-May-2007" notify="" state="open" uid="000291" who="Main.GerardZins" }% Créer une page pour le téléchargement des 'contrib' (fftw, cfitsio, rlterm, yorick) accessible par tous.
%ACTION{ closed="BAD DATE see %TWIKIWEB%.ActionTrackerPlugin#DateFormats" closer="" created="25-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" notify="" state="open" uid="000464" who="Main.EvelyneAltariba" }% <<EOF
Mettre a jour le document 'VLT-SPE-AMB-15830-3984 - AMBER PRODUCT DATA SPECIFICATION' 
   * Inclure la description du fichier de selection de frame 
   * Mettre a jour la table AMBER_DATA 
   * Definir la table pour stocker les spectres
EOF
%ACTION{ created="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-Mar-2007" state="open" uid="000475" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire l'inventaire des fonctions Yorick, et decider des fonctions publiques/privees
%ACTION{ closed="25-Apr-2007" closer="" created="21-Mar-2007" creator="Main.FlorentinMillour" due="4-Apr-2007" notify="" state="closed" uid="000001" who="Main.EvelyneAltariba" }% <<EOF
Lire les fichiers du pipeline ESO 
Plus d'interet. Les deux logiciels vont produire les memes fichiers
EOF
%ACTION{ created="3-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="25-May-2007" state="open" uid="000489" who="Main.FlorentinMillour" }% Implementer le calcul des visibilites calibrees
%ACTION{ created="12-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" due="16-May-2007" state="open" uid="000559" who="Main.FlorentinMillour" }% Resoudre le probleme d'affichage des 'raw data' ayant 2 rows et plus
%ACTION{ closed="25-Apr-2007" closer="" created="12-Mar-2007" creator="Main.SylvainCetre" due="13-Mar-2007" notify="" state="closed" uid="000564" who="Main.FlorentinMillour" }% <<EOF
Faire preciser le format utilisable pour la table des spectres 
L'ESO n'a pas de format a proposer
EOF
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="11-May-2007" state="open" uid="000589" who="Main.EvelyneAltariba" }% Coder l'ecriture/utilisation/lecture des flags indiquant si les donnees ont un sens dans les tables oi-fits
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="11-May-2007" state="open" uid="000591" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire un vrai beau grand paragraphe sur la selection de frames dans le manuel utilisateur.
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="11-May-2007" state="open" uid="000593" who="Main.EvelyneAltariba" }% Finaliser le manuel utilisateur: faire des captures d'ecran sur le modele Alpha Arae, corriger les fautes d'orthographe, expliquer plus en details...
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="11-May-2007" state="open" uid="000594" who="Main.EvelyneAltariba" }% Finir la reprise de la documentation + des regles de programmation du plugin yorick. (aide de GD+FMI?)
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="23-Mar-2007" state="open" uid="000595" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire un script utilisant les donnees sur Alpha Arae + insertion des commandes dans le manuel utilisateur.
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="11-May-2007" state="open" uid="000596" who="Main.EvelyneAltariba" }% Ecrire les 2 fonctions amdlibCheckDataQuality + amdlibCheckObsQuality.
%ACTION{ created="19-Mar-2007" creator="Main.EvelyneAltariba" due="11-May-2007" state="open" uid="000598" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire une revue du code yorick dans son ensemble.
%ACTION{ created="25-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" state="open" uid="000069" who="Main.EvelyneAltariba" }% Utiliser des couleurs differentes pour les fichiers OI-DATA de type 'raw', 'avg' et 'cal'
%ACTION{ created="25-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" state="open" uid="000070" who="Main.FlorentinMillour" }% Valider les coorddonnees UV de amdlib, puis nettoyer le plugin Yorick du code mort
%ACTION{ created="25-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" state="open" uid="000071" who="Main.EvelyneAltariba" }% Proposer une nouvelle palletle de couleur
%ACTION{ created="25-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" state="open" uid="000072" who="Main.FlorentinMillour" }% Implementer la fonction =amdlibPerformAllSpectralCalibration=
%ACTION{ closed="22-May-2007" closer="" created="25-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" notify="" state="closed" uid="000073" who="Main.EvelyneAltariba" }% Par defaut, ne plus faire la calibration spectrale dans les fonctions =amdlibComputeP2vm= et =amdlibComputeOiData=
%ACTION{ closed="22-May-2007" closer="" created="25-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" notify="" state="closed" uid="000074" who="Main.EvelyneAltariba" }% Ajouter une option pour faire la calibration spectrale dans les fonctions =amdlibComputeP2vm= et =amdlibComputeOiData=
%ACTION{ created="25-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" state="open" uid="000075" who="Main.GerardZins" }% Changer les keywords OCS pour l'instrument contrast en QC
%ACTION{ closed="16-May-2007" closer="" created="25-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" notify="" state="closed" uid="000076" who="Main.GerardZins" }% <<EOF
Demander les PRO.CATG pour les 'raw vis', 'avg vis' et 'cal vis'  
La valeur du mot-cle PRO CATG pour les OI-DATA est :  
   * raw : CALIB_REDUCED ou SCIENCE_REDUCED) 
   * avg : CALIB_AVERAGED ou SCIENCE_AVERAGED  
   * cal  : SCIENCE_CALIBRATED
EOF
 %ACTION{ created="26-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" state="open" uid="000078" who="Main.EvelyneAltariba" }% Ajouter les dimensions des variables yorick
 %ACTION{ created="26-Apr-2007" creator="Main.GerardZins" due="11-May-2007" state="open" uid="000082" who="Main.EvelyneAltariba" }% Analyser les valeurs 'nan' dans le tableau des visibilites
 %ACTION{ created="28-May-2007" creator="Main.GerardZins" due="1-Jun-2007" state="open" uid="000130" who="Main.GerardZins" }% Decrire la table des spectres dans doc de specifications + differents types de OI-DATA


---++ Liste des fonctions
[[AmberDrsFunctionList][Liste des fonctions publiques/privées]]

---++ Evolutions à l'étude
Il apparait nécessaire de faire évoluer le format des fichiers produits par AMBER DRS pour y inclure le spectre par téléscope, et préciser la signification des données de la la table =AMBER_DATA=.
Les propositions suivantes sont à discuter :
   * Changement des noms des colonnes de la table =AMBER_DATA=
      * =BASE_FLUX_SUM= & =BASE_FLUX_SUM_CORRECTION= 
      * =BASE_FLUX_RATIO= & =BASE_FLUX_RATIO_CORRECTION=
      * =BASE_FLUX_PRODUCT= 

   * Ajout d'une table pour stocker le spectre par téléscope; le format de cette table doit etre discuter avec l'ESO pour adopter un format qu'il utilise deja.
   
   * Suppression de la table =AMBER_DATA= dans le produit final du DRS; seul le fichier de visibilités brutes contient cette table qui est nécessaire pour calculer les observables moyennés. %X% Cette proposition sous-entend la suppression des infos sur le piston!!

   * Uniformisation des produits du DRS JMMC et du pipeline ESO

   * Signaler le pb des keywords PRO; VALUE est utilise alors que SVALUE, DVALUE, ... sont definis

---++ A discuter
----+++ Calibration spectrale
La calibration spectrale en MR est systematiquement fausse (cf. these de Florentin Figure 5.2.2 / Page 125. Le probleme vient des bad pixels. L'une des solutions serait de prendre en compte le spectre des voies photometriques utilise lors du calcul de la P2VM.

----+++ SNR
La valeur du SNR pour des mesures fortement bruitees sont souvent sujet a discussion. Une explication claire dans le UM est indispensable...

----+++ Binning
Il faudrait preciser la difference entre la moyenne des visibilites brutes et la visibilites des donnees 'binnees'. Ce n'est pa exactement la meme chose, et le UM devrait fournir une explication claire.
 


-- Main.GerardZins - 08 Jan 2007
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