(r30) JmmcModelFitting < Jmmc/Software

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Bienvenue sur cette page dédiée aux activités R&D du groupe modelfitting du [[http://www.jmmc.fr][JMMC]]

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Actuellement, <b>il ne faut pas hesiter a fournir tous type d'information dans ce topic</b>. On verra au fur et a mesure comment optimiser l'organisation.
%TOC%

---+ Presentation du logiciel <nop>ModelFitting
<img src="%ICONURL{todo}%" width="37" height="16" alt="TODO" border="0" /> remplir ce paragraphe (en anglais peut-etre puisque ce sera certainement reutilise et ca existe meme peut etre deja...)

---++ Capacités et limites du logiciel
...

---++ Documentation existante:
---+++ Sur le serveur de documentation du jmmc
[[http://www.jmmc.fr/doc/?workingGroup=2300][Doc groupe de travail modelfitting]]

---+++ Format d'entree des fichiers de donnees
LITpro peut accepter plusieurs type de fichiers d'entree, mais il vaut mieux concentrer les effort en se basant sur OIFITS. Il faut suivre le développement de l'outil qui permet de valider les fichiers OIFITS.

---++ Capacités et limites du GUI
Il existe un fichier de  [[http://jmmc.fr/~mella/LITproDev/Releases.html][Release]] dedie au GUI.
   *  Le GUI peut presenter des lenteurs pouvant laisser croire qu'il est bloque (par exemple afficher le panneau 'result'). Il faut parfois etre patient (Ca ne veut pas dire qu'il n'y a pas de bugs... :-) )
   * Le GUI dispose d'une page d'aide tres sommaire (menu Help->Show Help). On peut donc rajouter les informations "pour avoir une aide rapide sur la signification des paramètres (axis ratio, scale, weight, etc)."
   * Les fichiers xml de setting embarquent (a l'heure actuelle) les fichiers oifits associés. Du coup, le GUI dispose dans le panneau "File panel" d'un bouton "Save embedded file". Cela peut donc eviter par exemple de passer en piece jointe le fichier xml et les fits.

---+ Utilisation
---++ Les fichiers d'exemples 
On peut depuis la page principale [[http://jmmc.fr/modelfitting/][modelfitting]] accéder à l'espace de partage de fichier.

Il existe egalement la possibilite de faire un rapport sur les fits obtenus a partir de fichiers setttings. Liens vers les [[http://jmmc.fr/~mella/mfRes][pages protos]]

---++ Logiciel complet dans l'environnement yorick
Ce logiciel offre plus de fonctionnalites que l'interface graphique, mais necessite une installation et une utilisation dans un environnement de script avec Yorick.

<img src="%ICONURL{todo}%" width="37" height="16" alt="TODO" border="0" /> Placer et donner un pointeur sur le tgz de la distribution LITpro

<img src="%ICONURL{todo}%" width="37" height="16" alt="TODO" border="0" /> Moins urgent: indiquer comment contribuer au code.

---++ Logiciel final avec interface graphique (GUI)
| URL | Date de mise a jour LITPro  | Date de mise a jour  du GUI |
| [[http://jmmc.fr/modelfitting/ys/html/][La page de l'interface graphique utilisateur ( Stable )]] | TBD | TBD [[http://jmmc.fr/modelfitting/ys/html/Releases.html][Releases]]| 
| [[http://jmmc.fr/~mella/LITproDev][La page de l'interface graphique utilisateur ( Beta )]] | TBD |  V1.0.10 / 09 Apr 2008 [[http://jmmc.fr/~mella/LITproDev/Releases.html][Releases]]|

---+ Developpements
---++Compte-rendu de réunions du groupe
se trouvent [[jmmcModelFittingCRReunionsDuGroupe][ici]] 

---++ Liste d'actions 'code LITpro' :
%ACTION{ closed="2008-03-12" closer="" created="2008-02-27" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-03-07" notify="" state="closed" uid="000023" who="Main.GuillaumeMella" }% integrer les fichiers du CDS indique dans le mail d'Olivier. J'ai aussi rajoute le fichier 2007-06-29.fits
%ACTION{ closed="2008-03-18" closer="" created="2008-03-18" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-03-18" notify="" state="closed" uid="000035" who="Main.IsaTallonBosc, Main.GuillaumeMella" }% << EOF
Gerer les bornes de paramètres de modèles  

Elles devraient être indiquees dans le code source yorick comme les unités  
-- Main.GuillaumeMella - 18 Mar 2008  

Explication de l'erreur rencontrée par Olivier sur le fit des données 2007-06-29.fits (info Plantage2.txt) par une gaussienne :  
Le fitter conduit le fit où il veut, donc à des valeurs de paramètres non acceptables, comme une valeur négative pour une fwhm de gaussienne. On aurait pu mettre par ex. celle-ci en valeur absolue mais cela introduirait de la dégénérescence. On préfère ne pas "trafiquer" le paramètre mais mettre systématiquement des bornes.   
-- Main.IsaTallonBosc - 18 Mar 2008  

Le nouveau LITpro_basic  v1.18 indique les bornes et le GUI les prend en compte lors de l'echange des modeles supportes.
EOF
%ACTION{ closed="2008-03-18" closer="" created="2008-03-18" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-03-18" notify="" state="closed" uid="000036" who="Main.IsaTallonBosc" }% <<EOF
Eclairicir la description des paramètres du "elongated disk"  
Armando indique que ce n'est pas très clair si le "axis ratio" est le grand axe sur le petit ou vice-versa. 

Pourtant bien défini mais mieux mis en évidence dans la doc de la fonction dans la nouvelle version. 
-- Main.IsaTallonBosc - 18 Mar 2008
EOF
%ACTION{ closed="2008-04-01" closer="" created="2008-03-11" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-04-01" notify="" state="closed" uid="000053" who="Main.IsaTallonBosc" }% <<EOF
Conclusion d'Armando sur ses tests - rapport du 11-03-08 -:  problème avec le calcul des
fréquences spatiales, qui semblent incorrectes sur un ensemble de données fittées avec d'autres données.
Conclusion confirmée : les fréquences spatiales des mesures dans la bande K étaient
calculées avec la longueur d'onde du dernier ensemble de données (en H).
Bug corrigé dans oidata.i 
Les fits alors obtenus sont compatibles avec ceux attendus.
-- Main.IsaTallonBosc - 1 April 2008
EOF
---++ Liste d'actions 'GUI':
%ACTION{ closed="" closer="" created="2008-02-27" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-03-07" notify="" state="open" uid="000546" who="Main.GuillaumeMella" }% <<EOF
Implementer le plot des residus au niveau du GUI 
C'est fait cote serveur (code yorick et enrobage). 
Il reste a faire plusieurs plot pour les VIS VIS2 ou  T3. (actuellement la version de developpement fait un plot en mélangeant tout)
EOF
%ACTION{ created="2008-03-18" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-04-18" state="open" uid="000037" who="Main.GuillaumeMella" }% Prevoir un unload d'oifile
%ACTION{ created="2008-03-18" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-04-18" state="open" uid="000038" who="Main.GuillaumeMella" }% Rafraichir l'arbre lorsqu'un model est supprimé dans le panneau 'target panel'
%ACTION{ created="2008-03-18" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-04-18" state="open" uid="000039" who="Main.GuillaumeMella" }% Faire fonctionner le 'run fit' lorsqu'un model est supprimé dans le panneau 'target panel'
%ACTION{ created="2008-03-18" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-04-18" state="open" uid="000040" who="Main.GuillaumeMella" }% Faire bien apparaître la liste de modèles au premier clique.(actuellement il en faut deux)
%ACTION{ closed="2008-04-09" closer="" created="2008-04-03" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-04-18" notify="" state="closed" uid="000055" who="Main.GuillaumeMella" }% <<EOF
Regarder le probleme avec le fichier 2007-06-29.fits 
Ok il y avait un bout de code "non solicité" qui modifiait automatiquement l'ident... 
Bug resolu depuis la version 1.0.10
EOF
%ACTION{ created="2008-04-03" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-04-18" state="open" uid="000056" who="Main.GuillaumeMella" }% Optimiser le probleme de lenteur du panneau 'result'
%ACTION{ created="2008-04-03" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-04-18" state="open" uid="000057" who="Main.GuillaumeMella" }% Gerer la fonction de normalisation pour le fit

---++ Points a transformer en actions:
Pour ajouter une action dans la liste, insérer la ligne suivante et remplacer le nom du responsable, la date et la description de l'action.<BR>
%<nop>ACTION{ who="Main.%USERNAME%" due="2-Jan-2007" }% Description de l'action<BR>
Pour plus d'info sur le plugin de suivi des actions, voir TWiki.ActionTrackerPlugin.

---+++ Points concernant LITpro 
   * Pourquoi le fit ne marche pas si on fixe le paramètre "weight" ? En plus, pour faire le fit de visibilités avec un modèle unique (un disque uniforme par exemple) ce paramètre n'est pas nécessaire et ne devrait pas compter comme un paramètre libre.
-- Main.ArmandoDomiciano - 11 Mar 2008<br />
 Le fit  marche, avec paramètre "i1" fixe ou libre, avec ou sans normalisation. Donc remarque à préciser car non reproduite. <br />
-- Main.IsaTallonBosc - 01 Apr 2008<br/>
Il faut regrouper (ici par exemple)  les explications sur la normalisation expliquée lors de la teleconf du 3 avril 8.<br />
-- Main.GuillaumeMella

---++++ Enquete noms de parametre des modeles
 * A la place de rayon angulaire il serait mieux d&#8217;utiliser directement le diamètre angulaire pour les paramètres d&#8217;entrée et de sortie. D&#8217;habitude on parle de rayon pour les grandeurs linéaires mais pas angulaires.<br />
-- Main.ArmandoDomiciano - 26 Feb 2008

---+++++ Objectif
Fixer le nom des paramètres des fonctions modèles géométriques. La proposition est A VALIDER avant le 9 avril 08.

| *Modeles non modifiés* |
| *lpb_elong_gaussian*  - Elongated Gaussian |
| weight, x, y, minor_fwhm, fwhm_ratio, orientation |
| *lpb_gaussian* - Gaussian |
| weight, x, y, fwhm |
| *lpb_punct* - Single point (Dirac function) |
| weight, x, y |

| *Modeles modifiés* |
| *lpb_circle* - Circle |
| weight, x, y, <strike>radius</strike> diameter |
| *lpb_disk* - Uniform disk |
| weight, x, y, <strike>radius</strike> diameter |
| *lpb_elong_disk* - Ellipse (elongated disk) |
| weight, x, y, <strike>minor_radius</strike> minor_diameter, axis_ratio, orientation |
| *lpb_elong_ring* - Elongated uniform ring |
| weight, x, y, <strike>minor_radius</strike> minor_internal_diameter, <strike>radius_ratio</strike> diameter_ratio, width, orientation |
| *lpb_limb_linear* - Limb-darkened disk with linear law |
| weight, x, y, <strike>radius</strike> diameter, a1_coeff |
| *lpb_limb_power* - Limb-darkened disk with power law |
| weight, x, y, <strike>radius</strike> diameter, power |
| *lpb_limb_quadratic* - Limb-darkened disk with quadratic law |
| weight, x, y, <strike>radius</strike> diameter, a1_coeff, a2_coeff |
| *lpb_limb_sqrt* - Limb-darkened disk with square root law |
| weight, x, y, <strike>radius</strike> diameter, a1_coeff, a2_coeff |
| *lpb_ring* - Uniform ring |
| weight, x, y, <strike>radius</strike> diameter, width |

-- Main.IsaTallonBosc - 17 Mar 2008
| *Autres propositions (issues de réflexions apès la réunion du 3 avril)* |
soit " *lpb_toto* " la fonction géométrique à symétrie radiale (toto = circle,
disk, ring, gaussian), ses variables sont : <br /> *x, y, weight, p*
(avec p=diameter ou fwhm selon le cas), <br />
alors " *lpb_elong_toto* " (la fonction toto étirée sur un axe) a pour
variables :<br />
*Proposition 1.* : x, y, weight, *p, elongation_ratio, orientation* <br />
*Proposition 2.* : x, y, weight, *minor_p, elongation_ratio, orientation* <br />
*Proposition 3.* : x, y, weight, *minor_p, p_ratio, orientation* <br />
  _la Proposition 3. correspondant à la proposition du 17 mars._ <br />
 *Proposition 4.* : x (mas), y (mas), weight,  major_axis_diam(mas), elongation, major_axis_pos_angle(°)* <br />
  _la Proposition 4. correspondant à la proposition de Armando_ <br />
 A noter pour lpb_ring et lpb_elong_ring:  1 paramètre en plus de p : "width", la largeur de l'anneau. 
---+++++ Reponses et Remarques
Sur le passage radius --> diameter :<br />
Main.GuillaumeMella - Personellement je n'ai pas de preference. Cependant, je suggere que l'on regarde s'il est possible cote yorick de pouvoir donner pour chaque parametre sa description comme pour ce qui existe deja avec les bornes et unites. Ces informations seraient reprises dans le GUI et affichées le plus clairement possible. <br />
Main.IsaTallonBosc - Le passage de "radius" à "diameter" a été acquis en réunion. Reste à fixer les autres paramètres (pour les fonctions asymétriques) <br />
Main.GillesDuvert - j'ai rajouté la proposition de Armando à laquelle je souscris pleinement, mais cela n'implique pas qu'il faile changer la logique du fitter ou de constructions des fonctions dans le yorick. On s'intéresse ici uniquement à ce que voit l'utilsateur, quitte à transformer en entrée et en sortie de yorick certains paramètres en d'autres plus pertinents à fitter<br />
Pour aider à la décision, on peut donner son avis : 1 = Pour une Prop., 0 = Contre une Prop.<br />
|Prop.1|Prop.2|Prop.3|Prop.4|Nom|Remarques|
| 1 | 0 | 0 | 0|Main.IsaTallonBosc | solution plus rigoureuse et homogène|
| 1 | 0 | 0 | 0|Main.MichelTallon| Mais je préfèrerais elong_ratio au lieu de elongation_ratio, pour faire le parallèle avec le nom de la fonction, e.g. elong_toto. Il n'y a ainsi plus qu'un seul adjectif, ce qui augmente la cohérence du système de dénomination. |
|0|0 |0|1|Main.GillesDuvert|dans ce cas, "elongation" est TOUJOURS >0 et < 1 et pos_ange est le PA|
|0|0 |0|1|Main.ArmandoDomiciano||
|*%CALC{"$SUM( $ABOVE() )"}%* |*%CALC{"$SUM( $ABOVE() )"}%*|*%CALC{"$SUM( $ABOVE() )"}%*|*%CALC{"$SUM( $ABOVE() )"}%*|||
<!--
A copier pour une nouvelle entree
| ? | ? |? |  Main.PrenonNom | Remarque |
-->

---+++ Points concernant le GUI
Il n'y en pas  pour l'instant...Mettez donc vos remarques

---+ Retours sur les donnees partagees

Pour des retours sur des essais realisés avec les [[http://jmmc.fr/oidata][donnees partagees]], il existe un page dediee au [[JmmcModelFittingFeedBack][retour d'experience]].
Topic revision: r30 - 2008-04-09 - GuillaumeMella