OImagingAntoineK < Jmmc/Software

---+ Dev OImaging Sept 2021 ...

Q: question<br />A: Antoine <br />L: Laurent<br />G: Guillaume

dépôt GitHub Antoine : https://github.com/buthanoid/oimaging

Bugs / Features : OImagingFeatureList

---++ Mercredi 22
   * A: envoyé un dernier commit pour DevMode, en attente de confirmation, ça semble correct de mon côté
   * AQ: pour le bug NetBeans, j'ai identifié jideToggleSplitButton1 dans fr/jmmc/oimaging/gui/SoftwareSettingsPanel.java qui pose problème. Souci : impossible de le retrouver dans l'onglet Design, je ne trouve pas de "recherche" de component. et côté source code c'est grisé je ne suis pas sensé l'éditer manuellement.<br />Du coup je l'ai quand même édité manuellement avec XED. Dans le form il était noté comme "Non Visual Component".. le pb c'est que je n'ai pas trouvé comment gérer ces composants depuis NetBeans.<br />Pour le bug de MainPanel, j'ai cliqué sur "éditer quand même", et ce qu'il a changé semble innofensif..<br />tout est regroupé dans le commit de cette branche : https://github.com/buthanoid/oimaging/tree/design-edit-problem <br />vous me direz ce que vous en pensez.
   * L: je vois ce champ inutile dans le Navigator/Non visual components =&gt; delete fonctionne bien. Je peux commiter ce fix: bien vu !
---++ Problèmes & solutions
---+++++ Ne peut pas compiler après un pull d'OImaging par exemple, à cause d'un pb sur jmcs par exemple

A: Les autres dépôts (comme JMCS) ont sûrement été mis à jour, et la nouvelle version d'OImaging s'appuie dessus. aller dans le dossier =jmmc-java-build=, et lancer =bash= =update_modules.sh= et =bash= =build_gui.sh=
---+++++ Plugin maven exec mojo : 501 HTTPS Required quand on clique sur Netbeans Run

A: =NetBeans= -&gt; =Tools= -&gt; =Options= -&gt; =Java= -&gt; =Maven=.<br />A: Le home de Maven est sûrement marqué "bundle" donc une ancienne version. Il faut pointer sur la version plus récente de Maven installée sur l'ordi, par exemple /<span>usr/share/maven</span>.
---++ Mardi 21
   * A: effectué les corrections sur DevMode, envoyé sur la pull request. J'ai implémenté une fonction sommaire de devine de Service à partir des mots clés et header card.
   * A: pas eu le temps de regarder la pull request de Table Editor
---++ Lundi 20
   * A: toujours le bug de MainPanel, recompiler n'a pas suffi
   * A: constaté qqes problèmes sur le craft de ServiceResult, voir le commentaire sur la pull request
   * A: réécrit le =craft= de =ServiceResult= dans =DevMode=
      * j'ai retiré le guess de =Service=, puisque c'est un concept qui appartient au lancement de =Run=, pas au chargement de fichier =Result=
      * j'ai attribué un =Service= par défaut, en attendant qu'on ait un =KeyWord= qui donne cette info.
---+++++ Récapitulatif de ce qui se passe lors du Run :
   * un =TaskSwingWorker= est créé avec deux fonctions : =computeInBackground= qui exécute la tâche, et =refreshUI= qui est appelée quand la tâche est terminée
   * =TaskSwingWorker.computeInBackground()=
      1 récupère le Service (algorithme) sélectionné actuellement dans l'interface
      1 appelle =reconstructsImage(Service,File)= en local/distant avec le =Service= et le fichier d'entrée, en récupère un <span class="WYSIWYG_TT">ServiceResult</span><br /><span class="WYSIWYG_TT"><span>LocalExecutionMode.reconstructsImage</span><span>(Service,File)</span></span>
         1 créé un objet =ServiceResult(File)= avec le fichier d'entrée
         1 appelle la fonction =exec(Service,File=), qui exécute l'algo et remplir les fichiers output et log
         1 renvoie le =ServiceResult= dont les fichiers input et output ont maintenant du contenu
      1 appelle =ServiceResult.setService(Service)=
      1 appelle =ServiceResult.setValid(Boolean)=
   * =TaskSwingWorker.refreshUI(ServiceResult)=
      1 si le =ServiceResult= est non annulé, appelle <span class="WYSIWYG_TT">IRModel.addServiceResult(ServiceResult)</span><br /><span class="WYSIWYG_TT">IRModel.addServiceResult(ServiceResult)</span><br />
         1 appelle =ServiceResult.loadExecutionLogFile()= qui lit le fichier log et place son contenu dans le champ =executionLog=
         1 appelle =ServiceResult.loadOIFitsFile()=
            1 sauf si ça a déjà été fait, appelle =OIFitsLoader.loadOIFits(File)= sur le fichier output, qui va le lire et le parser, et place le résultat dans le champ =oiFitsFile=.
         1 ajoute le =ServiceResult= à l'ensemble des résultats, champ serviceResults
         1 si le =ServiceResult= est valide, appelle =addFitsImageHDUs(HDUs)= avec le contenu du champ =oiFitsFile=
            1 ajoute les =HDU= aux existants, en résolvant les conflits de nom (par user dialog), et choisit le premier =HDU= comme "image input"
         1 appelle =fireIRModelUpdated=
---++ Vendredi 17
   * AQ: pour passer les champs de =ServiceResult= dans des paramètres d'output. Spécifiquement pour =Rating= et =Comments= par exemple, est-ce que je les ajoute en constantes dans =fr.jmmc.oitools.image.ImageOiConstants=, dans la partie<span class="WYSIWYG_TT"><span>//</span></span><span class="WYSIWYG_TT"> Algorithm results keywords</span>, par exemple : =public final static String KEYWORD_RATING = "RATING";= ?<br />Ou bien plutôt dans =fr.jmmc.oitools.image.ImageOiOutputParam= ?<br />Dans les deux j'ai l'impression.
   * L: dans Oimaging, comme dans les classes filles de SoftwareInputParam pour ne pas polluer OITools (standard ImageOI)
   * A: j'ai un problème avec mon fork de =oitools=, il utilise une nouvelle version de =fr.jmmc.jmcs.util.NumberUtils=. Le pb c'est qu'elle est utilisée pour la compilation mais pas pour l'exécution du coup =NoSuchMethod= exception.
      * L: just update jmcs, oitools
---++ Jeudi 16
   * A: travail sur la pull request
   * A: créé une branche pour un devMode
   * Externalisé Column

   * AQ: quand j'essaie d'ouvrir l'éditeur graphique de MainPanel.java j'ai l'erreur suivante : Error in loading component property. voir image ci dessous
   * L: recompiler le module oimaging et cela devrait refonctionner.
<img alt="" height="315" src="%ATTACHURL%/Capture_dcran_du_2021-09-16_17-37-03.png" width="590" />

---++ Mercredi 15
   * A: réunion avec laurent et travail sur la pull request
---++ Mardi 14
   * A: J'ai simplifié ColumnDesc, j'en ai fait une classe abstraite ce qui me permet de définir equals à un seul endroit pour + de sûreté.
   * A: Il faut faire attention, maintenant l'égalité de ColumnDesc est seulement sur le nom. Ainsi pour éliminer les doublons à l'aide d'un ensemble de ColumnDesc, il faut commencer à insérer les colonnes d'abord Output, puis Input, puis HardCoded. Ainsi, un Comparator alternatif est ajouté à ColumnDesc, afin de trier dans l'ordre des priorités. Il ne peut pas être le comparateur officiel car il est incompatible avec la méthode equals qui s'appuie seulement sur le nom.
   * A: J'ai gardé la seconde liste de colonnes sous forme de List car ça répond mieux à l'interface de AbstractTableModel qui demande une colonne par son index.
   * A: Pour TableEditorPanel j'ai aussi gardé des List car il me semble que ça collait mieux à ListModel
   * QA: j'ai changé la méthode pour charger des Paramètres afin de récupérer la classe aussi. Voir commit https://github.com/buthanoid/oimaging/commit/cc607b03bece1fec3d455e289809654059859d01<br />Le problème est que j'ai maintenant des colonnes que je n'avais pas avant : INIT_IMG, RGL_PRIO, USE_T3, USE_VIS, USE_VIS2. En plus ces champs sont vides. Je crois qu'ils n'étaient pas sélectionnés car vide. Est-ce que j'ajoute un filtre anti-null ?
---++ Lundi 13
   * A: corrigé le bug d'absence de Rendering. Modifier les valeurs du modèle de =ResultSetTableModel= modifie les objets =TableColumn=. Or le rendering des petites étoiles est associé à un objet =TableColumn=. J'ai corrigé en demandant un nouveau rendering sur le nouvel objet =TableColumn=. A voir si c'est mieux de garder les objets =TableColumn= existants quand on fait un =setResults=. On pourrait aussi créer une nouvelle classe contenant un entier borné entre le nombre d'étoile possible, puis définir un renderer par défaut pour cette nouvelle classe. A voir si cela ne demande pas du boulot en plus, par exemple pour définir le tri d'une colonne contenant cette nouvelle classe.
   * L: effectivement, il faut bien redéfinir les renderer / editors basés sur le colonne (dans setResults): il faudrait mutualiser les instances de SuccessCell / RatingCell comme des champs de la classe TablePanel ...
   * Pour filtrer les colonnes: il faut utiliser FitsUtils.isStandardKeyword(key) pour ignorer les mots-cles standard (FITS).
      * A: c'est fait j'ai retiré toute colonne qui est un mot clé standard FITS.
   * Pour définir l'ordre / l'unicité des colonnes, il faudrait utiliser en priorité 1. OutputParams, 2. InputParams, 3. Hard coded (result).
   * Q: faut-il trier les colonnes par leur nom et par origine (Output, Input, Result) ?
      * AR: je trie les colonnes par priorité dans =ResultSetTableModel=, ce qui me permet ensuite d'éliminer facilement les "doublons". Je donnerai un ordre d'affichage différent dans =BasicTableSorter=. Il me semble que =HardCoded.INDEX= vient en premier, et =HardCoded.COMMENTS= en dernier, dans l'affichage actuel.<br />EDIT: ce n'est pas dans =BasicTableSorter= que je dois trier les colonnes pour l'affichage. Cette classe là ne s'occupe que de trier les lignes.
      * L: je vais modifier BasicTableSorter pour qu'il gère la liste des colonnes (filtrée et ordonnée à afficher) en m'inspirant de ce qui était fait dans SearchCal:
   * A: bug pointeur nul "résolu" avec : <span class="WYSIWYG_TT">if (value != null) success = (boolean) value; </span>En effet<span class="WYSIWYG_TT"> la méthode getTableCellRendererComponent </span>de<span class="WYSIWYG_TT"> TableCellRenderer </span>peut avoir le paramètre<span class="WYSIWYG_TT"> value </span>à<span class="WYSIWYG_TT"> null.</span> Cela a aussi résolu le bug de déplacement des colonnes. Il semble qu'il était généré lorsqu'on déplaçait la colonne sur une des colonnes à pointeur nul. Comme il réessayait de déplacer en boucle, il générait une exception en boucle.<br />EDIT : ah non il reste encore un bug de borne de tableau. Pour l'instant je n'arrive pas à le reproduire systématiquement.
   * A: je vais commiter la fusion des colonnes. Notes:
      * Le déplacement des colonnes par "drag&drop" ne fait pas partie de =Table= =Editor= et surtout n'est pas couplé avec =ResultSetTableModel=. En conséquence, si on drag&drop des colonnes pour les mettre où on veut, et qu'on utilise le =Table= =Editor= pour ajouter une colonne, on a perdu notre ordonnancement par drag&drop, puisqu'il n'était pas répercuté sur le modèle =ResultSetTableModel=.
      * Les =renderer= ne fonctionnent que pour une seule colonne. Maintenant que le =Table= =Editor= permet d'ajouter plusieurs colonnes =Rating=, seule la première d'entre elles est rendue avec des étoiles.
      * Que pensez-vous de retirer la possibilité d'ajouter une même colonne plusieurs fois ? Je doute de l'utilité et je trouve que ça rend l'interface un peu confuse.
         * Je vois pas l'interet d'avoir plusieurs colonnes rating ! pas compris.
         * L: les colonnes doivent être uniques (cf plus haut): unicité sur Name seulement, d'où le besoin de définir la priorité Output &gt; Input &gt; Result pour avoir un état reproductible qui ne depend pas de l'ordre de parcours des resultats
         * Il suffit d'utiliser un Set ou LinkedHashSet pour avoir un set ordonné dans l'ordre d'ajout
            * A: On est d'accord pour les colonnes Rating, mais c'est le code actuel. Je vais le modifier du coup pour ne pas laisser ça possible.
            * A: Unicité sur Name oui, mais la seconde liste de colonnes, celle qui est donnée en retour de Table Editor, permet en fait les doublons. Le tri des doublons se fait sur la mise à jour de la première liste des colonnes. mais je vais changer ça.
            * L: Effectivement, cet editeur doit avoir en entrée et en sortie une liste de ColumnDescriptors =&gt; unicité en entrée et en sortie à gérer en amont et dans le composant
            * A: merci pour LinkedHashSet ça va être plus propre

Action Laurent: modifier jmcs TableSorter pour gérer la liste des colonnes à afficher: List&lt;String&gt; comportant le nom des colonnes (unique dans l'ordre souhaité)
---++ Vendredi 10
   * A: Réfléchi à la structure des Header.<br />
      * =ResultSetTableModel= doit être capable de donner la valeur d'une case à partir de son index. Elle doit donc maintenir une liste ordonnée des colonnes.
      * La liste des colonnes ne doit pas contenir de duplicas (le but est de grouper les colonnes identiques des différents =ServiceResult=).
      * Certaines colonnes sont "en dur" ("hard-coded"). Je pense que ce serait bien que ce soit un =Enum= et non une chaîne de caractère.
      * Selon moi la classe ColumnKey de Martin est la bonne solution, je propose de la transformer un peu pour qu'elle utilise des =Enum=.
      * Ensuite, il y a la question de récupérer la valeur de la case correspondant à la colonne. A mon avis ce n'est pas à la classe =ColumnKey= de faire ça, mais à =ResultSetTableModel=.

   * A: après réflexion il faudrait qu'un =Header= puisse donner un =KeywordMeta= pour éviter de recopier l'interface
   * A: commit https://github.com/buthanoid/oimaging/commit/233e49807560cab89c4e36bbdffd2a618431e2e2<br />Il manque encore des choses, j'ai eu une réunion. Suite lundi matin.
---++ Jeudi 9
   * A: créé une branche locale sur un clone du dépôt de martin pour faire des essais. Réussi à corriger l'affichage du dialog de sélection des colonnes du tableau.
   * AQ: je ne parviens pas à trouver un commit commun entre la branche tabledynamic de martin et la master d'oimaging du JMMC. J'aurais voulu repartir de là pour créer une branche sur mon dépôt et appliquer les modifications de martin qui concernent seulement le tableau dynamique. Du coup je vais carrément copier les fichiers de martin.dynamic-table pour mon premier commit de branche locale. On verra ce que ça donne. Si vous avez une meilleure idée je prend.
   * A: commencé à réfléchir sur la fusion.
---++ Bilan d'installation
   * A: openjdk 8 et 11 étaient déjà installés sur l'ordinateur (apparemment 11 automatique et 8 privé)
   * A: Maven 3.6.3 installé grâce à Synaptic
   * A: NetBeans installé grâce au fichier [[https://www.apache.org/dyn/closer.cgi/netbeans/netbeans/12.4/Apache-NetBeans-12.4-bin-linux-x64.sh][Apache-NetBeans-12.4-bin-linux-x64.sh]] venant de https://netbeans.apache.org/download/nb124/nb124.html<br />Pendant l'installation, j'ai décoché Java EE et Java SE car je ne savais pas s'il s'agissait seulement de plugins ou bien de JDK. Dans une étape suivante j'ai sélectionné le répertoire de OpenJDK Java 8. Après installation de NetBeans, j'ai installé les plugins NetBeans Maven 4.43 et Java 1.47
   * A: fichier =~/.m2/settings.xml= créé avec le contenu suivant : <verbatim><settings>
    <!-- offline
    | Determines whether maven should attempt to connect to the network when executing a build.
    | This will have an effect on artifact downloads, artifact deployment, and others.
    |
    | Default: false
    -->
    <offline>false</offline>
    <profiles>
        <profile>
            <id>dev</id>
            <properties>
                <!-- disable jar signer -->
                <jarsigner.skip>true</jarsigner.skip>
                <!-- disable javadoc -->
                <maven.javadoc.skip>true</maven.javadoc.skip>
                <!-- disable tests -->
                <maven.test.skip>true</maven.test.skip>
            </properties>
        </profile>
    </profiles>
    <activeProfiles>
        <activeProfile>dev</activeProfile>
    </activeProfiles>
</settings></verbatim>
   * A: Installer NetBeans avec FlatPak est une mauvaise idée. La Java Platform est alors dans un répertoire =/app/jdk=, qui n'existe que pour FlatPak. Aussi, NetBeans est alors incapable de trouver d'autres répertoires jdk installés sur la machine. Ce qui empêche par exemple de sélectionner JDK Java 8.
   * A: Le Run d'OImaging a bugué sûrement parce que JMCS a été installé avec une version précédente de NetBeans (10.0). Résolu en le recompilant avec NetBeans 12.4. Donc il vaut mieux compiler tous les projets avec le même environnement de dev. D'ailleurs, si on utilise le script =build_gui.sh=, qui utilise la commande =mvn=, il faut aussi vérifier avec =mvn -version= que la version java utilisée par maven est celle qu'on souhaite.
   * A: il faut sélectionner une Java Platform depuis NetBeans. En effet utiliser =java-update-alternatives= pour changer =/usr/bin/java*= pose problème avec des logiciels qui assument une version java défaut plus récente (ex mozilla firefox).
   * A: Dans les options Java -&gt; Maven, vérifier que ce n'est pas le maven home bundled mais pointer sur la version installée sur l'ordinateur

---++ mercredi 8
   * A: inscription TWiki (note pour les suivants : l'inscription ne dit pas "OK" mais "Attention" et le mail de confirmation est envoyé manuellement donc pas immédiatement)
      * G: Fixé : on a maintenant: "Thank you for registering / Your registration request has been sent to TWiki administrator for approval. You will receive an e-mail to confirm your registration"
   * A: passe de l'incident pour mauvais nom de compte sésame de priorité faible à haute
   * A: lecture Git (staging area, branches..)
   * A: installation de NetBeans 12.4 FlatPak (à la place de 10.0 Synaptic)
   * AQ: la page http://www.jmmc.fr/twiki/bin/view/Trash/JmmcSoftwareNetBeans a l'air obsolète, est-ce que les options netbeans indiquées sont encore pertinentes ?
      * L: non, obsolete
   * AQ: activation du plugin NetBeans Java SE. Un warning est apparu pour me demander d'installer "nb_java truc" mais je n'ai pas eu le temps de lire. Important ?
      * L: Oui, installer ce module permet à netbeans de compiler à la volée les modifications ...
      * A: il s'agit de "nb-javac". en bas à droite de NetBeans un petit panneau rouge permet d'afficher un lien qui installe le plugin qu'il faut.
   * A: lecture Maven basique et lecture des POM de OImaging et ParentPOM
   * AQ: pourquoi la dépendance =org.restlet.ext.fileupload= du POM OImaging est dans le dossier =lib= (d'ailleurs les versions sont différentes) ?
      * L: cela semble obsolete (c'était utile quand la librairie restlet a été supprimé de maven central !); je ferai le ménage (TODO: LBO)
   * A: Fin d'installation de NetBeans
   * A: Comparaison de ma branche avec celle "table-dynamic" de Martin
   * A: étude du bug des JList de Table Editor. Il semble que le layout rende la première incapable d'afficher ses éléments. De plus la première n'affiche pas les labels des mots clés. La seconde quant à elle semble incapable d'afficher son contenu.
---++ mardi 7
   * A: mise à jour système Linux Mint (note : c'est long même sur ce pc puissant)
   * A: installation du plugin Maven et test d'ouverture de projet (succès)
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Topic revision: r37 - 2021-09-22 - LaurentBourges